Konya’da doğdu. Mevlâna Dergâhı postnişinlerinden Ferruh Çelebi’nin* oğludur. 1040/1630’da vefat eden ağabeyi Bostan Çelebi’nin* (Bostan-ı Evvel) yerine on beşinci halife olarak geçti. Postnişinliği IV. Murat dönemine rastlayan Ebubekir Çelebi, tasavvuf karşıtı Kadızadeliler ve onların etkisinde kalan padişahın baskısı yüzünden hayli sıkıntı çekti. Gerek Sefine-i Mevleviyye’de, gerekse Naima Tarihi’nde bu konuyla ilgili verilen bilgiler -zaman zaman birbiriyle çelişse de- yaşananların pek de hoş olmadığını göstermektedir.
Sakıp Dede’ye göre IV. Murat, Mevlâna’nın metfun olduğu yeraltı mezarına girmek için kapının açılmasını ister. Ebubekir Çelebi de buna rıza göstermeyince padişah kızıp Çelebi’yi azlederek İstanbul’a sürer.
Tarihçi Naima ise, Dergâh’ın masraflarına tahsis edilen vergileri zimmetine geçirdiği için Ebubekir Çelebi’nin azledildiğini ve yerine Karahisarlı Arif Çelebi’nin* getirildiğini belirtir.
Sabuhi Ahmet Dede’nin (ö. 1647) şu kıtasına bakılırsa Ebubekir Çelebi utanılacak bir şey yapmamış, yüzünün akıyla ebedî âleme göçmüştür:
Dünyâda seyr idüb hele encâm-ı düşmeni
Ukbâya kalmadı gam-ı hayf u gezendimiz
Meydân-gîr-i keyfer olup cedd-i pâkine
Yüz aklığıyla gitti Ebûbekr efendimiz
Ebubekir Çelebi’nin ölümüne “bî-gam” ifadesi tarih olmuştur ki; kelime 1052/1642’ye tekabül eder. Çelebi İstanbul’daki Yenikapı Mevlevihanesi’nde metfundur.
Veled Çelebi Silsile-nâme’sine göre Ebubekir Çelebi’nin Abdurrahman (ö. 1661 veya 1664) isminde bir oğlu vardır. Bu oğlundan olma torunu Abdülhalim Çelebi I* (ö. 1679) Mevlâna Dergâhı’nın XVIII. postnişini olmuştur.
