Mevlâna Dergâhı postnişinlerinden Mehmet Arif Çelebi’nin oğludur. Babasının 1746 yılında vefatı üzerine yirmi ikinci halife olarak, genç yaşta Konya Mevlevi Dergâhı şeyhliğine geçerek yaklaşık kırk yıl bu görevi ifa etti.
“Garîbî” mahlasıyla başarılı şiirler yazan Ebubekir Çelebi, kültür ve edebiyat tarihimizde daha ziyade bu yönüyle tanındı.
Bazı kaynaklarda Ebubekir Efendi’nin postnişinlik yaptığı dönemde Konya’da birtakım huzursuzluk ve karışıklıkların olduğu, Çelebi ve yakınlarının da bu olaylara karıştığı ifade edilmektedir.
Sahih Ahmet Dede’nin verdiği malumata göre Hacı Ebubekir Çelebi Efendi, 28 Rebiyülahir 1199 (10 Mart 1785) tarihinde abdest alırken aniden vefat etti ve Mevlâna Dergâhı’na (Huzur-ı Pir) defnedildi. Büyük oğlu Mehmet Arif ile küçük oğlu Abdurrahman Çelebi kendisinden epeyce evvel vefat ettiğinden, Mevlâna Dergâhı postnişinliğine İsmail Çelebi oğlu Hacı Mehmet Çelebi geçmiştir.
Aynı müellif, Çelebi’nin vefatından sonra varislerinin, Mevlevilik tarihi ve kültürü açısından çok değerli ve eski kitaplarını satmak için İstanbul’daki Yenikapı Mevlevihanesi’ne getirdiklerini, kendisinin bu kitapları görüp onlardan istifade ettiğini de yazmaktadır. Ünlü Mevlevi şair, Şeyh Galip’in (ö. 1799), Çelebi’nin vefatı üzerine yazdığı tarih manzumesi de aynı kaynakta yer almaktadır.
Defter-i Dervîşan’daki bir kayıtta Bosna’daki Mevlevihane’nin ihyası ve vakfının yeniden tanzimi için halifesi Şeyh Osman Dede’ye görev verdiği yazılıdır.
Edebî kaynaklarda ve mecmualarda yer alan şiirlerinin çok sayıda olmadığı anlaşılmaktadır.