Alaiye (Alanya)’de doğdu. Dedesi Abdurahman, babası ise İbrahim Ağa’dır. Kel Yusuf Efendi’nin akrabasından olup yükselerek gümrükçü ve kapıcıbaşı oldu. Birkaç sene göz ağrısına yakalanıp görevinden ayrı kaldıysa da 1130/1718’de çavuşbaşı, 1134/1722’de darphane emini ve 1135/1723’te ikinci defa çavuşbaşı oldu. 1137/1724’te vezirlikle Cidde ve Habeş, 1140/1729’da Mısır, 1141/1729’da ikinci defa Cidde valisi oldu. 1144/1731’de Kaptan-ı Derya, 1733’te tevkii, 1147/1734’te Rumeli, 1153/1741’te Mora valisi, sonra Konya, 1156/1743’te tekrar Cidde valisi oldu. 1160/1747’de azledilerek Şam’a geldi. Bir müddet sonra Kıbrıs muhassılı oldu. 1161/1748’de Kıbrıs sadarete has olmakla boşta kaldıysa da Şevvalde/Ekimde Eğriboz muhafızı oldu. 1162/1749’da Bosna valisi, aynı yıl içinde ikinci defa Kaptan-ı Derya oldu. 1164/1750’de Cidde Valiliğinden azlolunduysa da 1751’de istifa etmekle 6.000 kuruş maaş verilerek zevcesi Safiye Sultan’ın sarayında oturdu. Kısa süre sonra Cidde valisi oldu. 1165/1752’de sadrazam değişikliğinde Gelibolu’ya sonra Alanya’ya sürüldü. 1168/1755’de ihtiyarlığından ötürü zevcesi, sultanın sarayında oturmak üzere İstanbul’a çağrıldı.
1171/1758’de vefat eden Paşa, Aksaray’da Çakır Ağa Camii karşında yaptırdığı mektebe defnedildi. Edepli, tedbirli ve doğru bir zat olan Ebubekir Paşa Emine, Hatice ve 1740 yılında da II. Mustafa’nın kızı Safiye Sultan’la evlendi. İskender, Hacı Mehmet, Süleyman, Numan ve Ömer adlarında beş erkek, Rukiye adında bir kız evladı olan Paşa, III. Ahmet ve I. Mahmut döneminin etkili devlet adamlarındandı. Siyasi nüfuzunun yanında varlıklı olması sebebiyle İzmir, Antalya, Mekke, Cidde, Mısır Mora ve Kıbrıs’ta olmak üzere otuz iki adet vakıf tesis etti. Bu vakıflarla halkın sosyal ihtiyaçları başta olmak üzere, eğitim ve dinî ihtiyaçlarına cevap verilmeye çalışılmıştır.
