Selçuklu tarihî kaynaklarında Fahreddin Ebubekir hakkında verilen bilgi oldukça sınırlıdır. Onun, Gıyaseddin Keyhüsrev döneminde Türkiye (Anadolu) Selçuklu Devleti’ni yöneten beş kişiden biri olduğu anlaşılmaktadır. Zira Gıyaseddin Keyhüsrev öldüğünde İzzeddin Keykavus, Rukneddin Kılıçarslan ve Alâeddin Keykubat isimlerinde, küçük yaşlarda üç oğlu bulunmaktaydı. Bunlardan en büyüğü olan İzzeddin Keykavus bile çeşitli rivayetlere göre dokuz-on yaşlarındaydı. Bu üç çocuktan hangisinin tahta geçeceğine, devlet adamlarından vezir Şemseddin İsfahani, Celaleddin Karatay, Şemseddin Has-Oğuz, Esededdin Ruzbe ve Fahreddin Ebubekir meseleyi aralarında müzakere ederek karar vermişler, daha büyük olan İzzeddin Keykavus’u tahta çıkarmayı uygun bulmuşlardır.
İzzeddin Keykavus’un Türkiye Selçuklu tahtına çıkmasıyla Fahreddin Ebubekir de pervaneliğe tayin edilmiştir. Türkiye Selçuklularında pervane, mülk, ikta ve arazi işleriyle uğraşır, bunlarla ilgili tayin, temlik, tahrir işlerini yapar, menşur ve beratları hazırlar, defterleri tutar, tevcih edilen ihsanları dağıtırdı. Ayrıca sultan için istihbarat faaliyetlerini yürütürdü.
Vezir Şemseddin İsfahani, dört arkadaşıyla birlikte gücü ele geçirdikten sonra kurduğu düzen uzun sürmedi, bu beş kişinin arasında anlaşmazlık başladı. Zira Şemseddin Has-Oğuz ile Esededdin Ruzbe iş birliği yaparak Şemseddin İsfahani’nin iktidarını tehdide başlamışlardı. Buna mukabil Pervane Fahreddin Ebubekir ile Emir-i Dad (adalet bakanı) Nusretüddin Ahmet de Şemseddin İsfahani ile birleşerek gerginliğin artmasına sebep oldular. Pervane Fahreddin Ebubekir ile Emir-i Dad Nusret, bir tertip düzenleyerek Şemseddin Has-Oğuz ile Esededdin Ruzbe’yi katlettirdiler. Artık Pervane Fahreddin Ebubekir ile Emir-i Dad Nusret daha güçlü hâle geldiklerinden, Vezir İsfahani’nin hoşuna gitmeyen işler de yapmaya başlamışlardı. Vezir Şemseddin İsfahani, bu iki güçlü insanı birbirlerinden ayırmak için Emir-i Dad Nusret’i Moğolistan’a gitmekte olan Kılıçarslan’a iltihak etmek üzere Sivas’a göndermeye muvaffak oldu. Pervane Fahreddin Ebubekir kendisi için tuzak kurulduğunu anlayınca Konya Ahi reislerini toplayarak isyan etmek üzere olduğunu, kendisine yardım etmelerini istediyse de Ahiler bunu kabul etmediler. Pervane Fahreddin Ebubekir yakalanarak Darende Kalesi’nde önce hapsedilip, sonra da boğdurularak öldürüldü.
Fahreddin Ebubekir’in Mevlevi çevreleriyle de arası iyi olmalıdır. Çünkü Sultan Veled’in Divan’ında Fahreddin Ebubekir için yazılmış bir mersiye bulunmaktadır.
