1256’da Türkiye Selçukluları komutanlarından Yaruk İnal torunu, Sevinç oğlu Atabeg Fahrettin Aslandoğmuş (ö. 1258?) tarafından yaptırılmıştır. O, bir yandan Moğol işgaline karşı ülkesini savunurken, diğer yandan eğitime yatırım yapmıştır. Türbesi de içinde olan medresenin yeri, Çifte Merdiven Mahallesi’nde, Karpuzoğlu Camii ile Ali Gav Medresesi arasındadır. Karatay Medresesi önünden gelerek medrese alanı üzerinden geçen cadde, sonradan açılmıştır. Ata Petrol ile batı tarafındaki aynı aileye ait işyeri ve dairelerin bulunduğu yerler Atabekiye arazisidir.
Medrese, aralarında Konya kadısı Siraceddin Urmevî, Şeyh Sadreddin Konevî, Mevlâna Celaleddin Rumî, Muinüddin Pervane gibi Selçuklu ilim ve devlet adamlarının katıldığı görkemli bir törenle açılır. Bir kültür merkezi içinde inşa edilmiştir. Çevresinde Seyfiye, Büyük-Küçük Karatay Medreseleri, Kutlu Melek Hatun Darülhuffazı ve Kütüphanesi gibi kurumlar bulunmaktadır. Müderris günlüğü 60 akçe olan medreselerden birisi olarak önceleri, Karatay Medresesinden derecesi yüksektir. Yavuz Sultan Selim, medresenin doğu tarafında giriş kapısı sağına, Osmanlı çeşme mimarisinin güzel örneklerinden birini yaptırmıştır. Mescidi de olan medrese, mimari olarak günümüze kadar gelememiştir. Yapısı, Türkiye Selçukluları medreselerinin bir benzeri olmalıdır. Osmanlı’nın son devrinde, kerpiçten bir medresedir.
Fahrettin Aslandoğmuş; medresesini zengin vakıflarla desteklemiştir. Beyşehir, Çumra civarında köyler, tarlalar, bağlar ve değirmen vakıf olarak medreseye gelir getirmektedir. Gelirler, müderris ve talebelere, medresenin diğer ihtiyaçlarına harcanmaktadır.
Atabekiye, diğer Selçuklu medreseleri gibi, yakın yurt tutulan Anadolu’da, kurucu insan tipini yetiştirmeyi hedeflemektedir. Müderrisinin mutlaka Hanefi ve dindar olması, fıkıh ilimlerini okutması istenmektedir. Yedi yüz yıla yakın bir süre hizmet veren bu medresenin devamlılığı ile vakıfları arasında güçlü bir bağ vardır. Onun için ilk müderrisi, Mardinli Şerafeddin’den Konya müftülüğü de yapan Gevrakî Hacı Abdülkadir Efendi’ye kadar değerli insanlar görev almışlardır. Son müderrisi Koçbekir Ağa’nın torunu Bekir/Ebubekir Sami Efendi (1843-1916)’dir. 1882-83’te elli öğrencisi vardır. Aynı zamanda Mesnevihan olan Bekir Efendi, akait, Molla Cami, Mültekâ derslerini okutmuştur. 1901-1914 arasında 35/34 talebeye eğitim verir. Ağazade Ebubekir Sami Efendi, medresenin müderrisliği yanında 1900 başlarından itibaren mütevelliliğini de üstlenir. Artık medrese, uzun süre görev yapan bu müderrisin lakabıyla “Ağazade Medresesi” diye anılmaktadır.
Selçuklu Dönemi vakıf eğitim kurumu olan Atabekiye, Cumhuriyet devrinde satılarak özel mülke dönüşmüştür. Sahipleri, son müderrisinin oğlu ve torunudur.
Atabekiye Medresesi’nin Osmanlı devrinde yapılan ana binası, 1930’lu yıllarda yıkılır. Yerine petrol istasyonu kurulurken, oğlu ve torunu tarafından 1964’te; son müderrisin mezarını, Üçler Mezarlığı’ndaki aile kabristanına; Yavuz Selim’in çeşme taşlarını da Aksaray yolundaki Ata Petrol şubesi yakınındaki çeşmeye taşıtır. Böylece Atabekiye’den günümüze gelebilecek olan son izler de silinir.
