Horasan’da doğdu. Seydişehir’in kurucusu Seyyit Harun Veli’nin kızıdır. Halife Sultan, babasının ölümünden sonra onun yerine geçerek kırk yıl gibi uzun bir süre halifeliğini yapmış; bu süre içerisinde kadın erkek birçok müridi olmuştur.
Bazı rivayetlere göre yaşadığı müddetçe hiç et yememiş; gündüzleri oruçlu, geceleri de namaz kılarak geçirmiştir.
768 Şevvalinde (Mayıs/Haziran 1367), bir cuma günü vefat eden Halife Sultan, Seyyit Harun Veli Camii’nin hemen yanı başındaki türbede, annesinin yanına defnedilmiş; ondan boşalan makama ise yeğeni Şeyh Musa geçmiştir.