Yakın zamanlara kadar, Beyşehir ilçesine bağlı bir kasaba olan Hüyük, 04.07.1987 tarih ve 3392 Sayılı Kanun’la ilçe statüsüne kavuşturulmuş; 18 Ağustos 1988 tarihinde Kaymakam Rıdvan Aydın’ın ilçede göreve başlaması ile de ilçeliği fiilen başlamıştır. Hüyük ve çevresinin tarihi, yüzyıllarca idari bağlılık içerisinde bulunduğu Beyşehir ve çevresinden bağımsız düşünülemez. Dolayısıyla ilçenin tarihi özelde Beyşehir ve çevresinin, genelde ise Anadolu’nun tarihi ile ilişkilendirilerek ortaya konulabilmektedir.
Hüyük ve çevresinin Bizans hâkimiyetinde olduğu sıralarda Türklerin bölgede görünmeleri XI. yüzyılın sonlarına rastlamaktadır. Büyük Selçuklu Sultanı Alparslan’ın emirleri 1067 yılında Konya şehrine ulaşmıştır. Türkiye (Anadolu) Selçuklu Devleti’nin kurulması ile Malazgirt Zaferi arasında geçen otuz yıllık dönemde Türkmenler Anadolu’nun doğu ve orta kısımlarına kadar yayılmışlarsa da Anadolu’yu henüz kendileri için emniyetli bir yurt olarak görmemişlerdir. Ancak Malazgirt Zaferi’nden sonra Bizans’ın ordusu ve mukavemeti kalmadığı için Türkmenlerin muhacereti sel hâline dönüşmüştür. Osmanlı hâkimiyetine girmeden önce, Eşrefoğullarının toprakları dâhilinde bulunan Hüyük ve çevresi, Eşrefoğlu Beyliği’nin sona ermesinden sonra önce Moğolların kontrolüne girmiş, daha sonra da Hamidoğullarının idaresine geçmiştir.
Osmanlı hükümdarı I. Murat, Anadolu’da siyasi birliği sağlamak amacıyla Beyşehir, Akşehir, Yalvaç ve Karaağaç’ı Hamidoğullarından satın almış, ancak bölgede bir süre Osmanlı idaresi kesin olarak sağlanamamıştır. Bu sebeple bölge Karamanoğlu-Osmanlı münasebetlerinin bozulmaya başladığı dönemlerde Karamanoğulları ile Osmanlılar arasında sık sık el değiştirmiştir. Osmanlı topraklarına bir barış döneminde dâhil olan bölge, bundan sonra da pek çok defa Karamanlı-Osmanlı mücadelelerine sahne olmuştur. 1389’da Karamanoğlu Alâeddin Bey, 1392’de Yıldırım Bayezit, 1402’de Karamanoğlu II. Mehmet Bey, 1414’de Çelebi Sultan Mehmet, 1435’te Karamanoğlu İbrahim Bey tarafından alınan bölge son olarak da 1436’da II. Murat tarafından geri alınmıştır. Bununla birlikte bölgenin kesin olarak Osmanlı topraklarına dâhil olması ancak Karamanoğullarının ortadan kaldırılmasıyla mümkün olabilmiştir. Osmanlılar Karamanoğullarından aldıkları yerleri Konya merkez olmak üzere Karaman eyaleti olarak düzenlemişlerdir. Fatih, 1476 yılında Karaman ilinin bütün şehirlerinin emlak ve evkaf tahririni yaptırmıştır.
Hüyük köyünün kuruluşu ile ilgili halk arasında anlatılan bir rivayet bulunmaktadır. Rivayete göre Hüyük, 1210 yıllarında Horasan’dan Konya’ya göç eden Şeyh İdris ve kardeşi Şeyh Bahri tarafından kurulmuştur. Şeyh İdris ve Şeyh Bahri Konya’da Mevlâna’nın müritleri arasına girmişlerdir. Bu arada Türkiye Selçuklu Devleti’nin son dönemlerinde, 1243 yılında İlhanlı askerleri Çobanoğlu Demirtaş komutasında Anadolu’da büyük tahribat yapmakta ve kargaşaya yol açmaktadır. Bu ortamdan en az zararla kurtulmak için Hz. Mevlâna, öğrencilerinden, bölgenin elverişli yerlerinde gizlenmelerini istemiştir. İşte, Şeyh İdris ve Şeyh Bahri bu çerçevede Moğol zulmünden kaçarak Hüyük civarına yerleşmişler ve böylece Hüyük’ün kurucuları olmuşlardır. Söz konusu rivayeti tarihî kaynaklarla kesin olarak teyit etmek şimdilik mümkün olmamıştır. Ancak Osmanlı kaynaklarında Hüyük köyünde Şeyh İdris Zaviyesi ve Şeyh Bahşi Zaviyesi isimlerinde iki zaviyeden bahsedilmektedir. Zaviyeye dair ilk bilgiler 1476 ve 1483 tarihlidir. Hurufat defterlerinde zaviyeye yapılan atama kayıtları bulunmaktadır. Şeyh Bahşi Zaviyesi hakkında tespit edilebilen ilk kayıt 1693 tarihli olup, defterlerdeki son kayıtlar 1774 tarihine kadar gitmektedir. Şeyh İdris Zaviyesi hakkında ise hurufat defterlerinde daha fazla bilgi bulmak mümkün olmaktadır. Bu zaviyeye ait ilk kayıt 1697, son kayıt ise 1834 yılına aittir. Günümüzde zaviyeleri yıkılmış olan her iki tekkenin türbeleri mevcuttur. Fakat eski özelliklerini yansıtan hiçbir ize tesadüf edilmemiştir. İ. H. Konyalı, Karamanoğulları zamanında kurulduğunu söylediği bu zaviyeler hakkında bazı bilgiler vermektedir. Şeyh İdris ve Şeyh Bahşayış’ın XV. yüzyılın başlarında yaşamış, bölgenin Türkleşmesi ve İslamlaşmasında etkin görev almış Türk Dervişleri olduğu anlaşılmaktadır.
Vakıf kayıtlarında Hüyük’le ilgili başka bazı bilgilere de ulaşılmaktadır. Osmanlı Dönemine ait 1476 ve 1483 yılı vakıf kayıtlarında, Eşrefoğlu Camii’nde cüz okunması için Sudun Ağa bin Abdullah tarafından kurulmuş olan Sudun Ağa Vakfı’na ait vakıflar arasında Höyük köyünde yer alan bir değirmenden gelir kaydedildiği anlaşılmaktadır. Yine Eşrefoğullarının merkezi olan İçerişehir’de bulunan Debbağlar Mescidi’nin vakıfları arasında Hüyük köyünde dört dönüm arazinin vakıf olarak kaydedildiği görülmektedir. Ayrıca Beyşehir merkezde bulunan Ertunzade Zaviyesi’ne ait vakıf kaydına göre, zaviyenin Hüyük köyünde on yedi dönüm vakıf arazisi bulunmaktadır. Kökenleri Eşrefoğulları Dönemine kadar inen vakıflara ait bu Osmanlı kayıtlarına göre, Hüyük köyünde geniş vakıf arazilerinin bulunması ve hatta bir değirmenin yer alması, bölgenin tarihi itibariyle oldukça eski ve önemli bir yerleşim olduğu ve arazi bakımından verimli, çevre köyler açısından merkezi bir konumda bulunduğuna da işaret etmektedir.
Osmanlı hâkimiyetine geçmesinden sonra Hüyük ve çevresinde yer alan bazı yerleşimler, Beyşehir sancağına bağlanmıştır. Beyşehir, XVI. yüzyılda Karaman eyaletinin yedi sancak merkezinden biri olup, sancakbeyi Beyşehir merkezde oturmaktaydı. Bilindiği gibi Beyşehir sancağı, XVI. yüzyılın ilk çeyreğinden itibaren Karaman eyaletinin diğer sancakları arasında daha belirgin bir özelliğe sahip olmuş ve 1844 yılına kadar sancak statüsünü muhafaza etmiştir. Bu dönemde Beyşehir sancağına bağlı, Beyşehir, Seydişehir, Bozkır, Yenişar, Göçü, Kaşaklı ve Kıreli isimlerinde yedi kaza bulunmaktadır. Tanzimat’ın ilan edilmesinden kısa bir süre sonra Beyşehir’in sancak statüsü kaldırılmış ve sancak merkezi olan Beyşehir, Konya sancağına bağlı bir kaza hâline getirilmiştir. Önceleri Beyşehir sancağının kazalarından olan Kıreli, Göçü, Yenişar ve Kaşaklı kazaları ise Beyşehir’in sancaklık statüsünün sona ermesiyle birlikte Konya sancağına bağlanmış, fakat bu kazalar bir süre sonra Beyşehir kazasına ilhak edilmiştir. Günümüzde Şarkîkaraağaç, Doğanhisar, Ilgın ve Beyşehir ilçeleri arasında yer alan Hüyük ilçesi, Osmanlı zamanında Kır-İli kazası olarak adlandırılan bölgenin büyük bir kesimini içine almaktadır Doğanhisar, Yalvaç Karaağacı, Göçü, Cezire ve Ilgın kazalarının arasında kalan Kır-İli kazasının batısında Beyşehir Gölü uzanmaktadır. Kuzeyinde yer alan Fele Beli ve Sultandağlarının uzantıları Yalvaç Karaağacı ile tabii bir sınır durumunda idi. Sınırını, doğusunda yer alan Göçü kazası, Sadıkhacı ile Sevindik köyleri oluşturmuştur. Batı kesiminde ise kazayı Döngelbeleni, Cezire kazasından ayırmıştır. Kuzeydoğusunda yer alan Oluk Dağı ise Doğanhisar kazası ile sınır oluşturmuştur. 1844 yılında Kıreli kazasına bağlı yirmi üç köy bulunmakta ve kaza sınırları dâhilinde 1.880 hanede, yaklaşık 4.550 erkek nüfus yaşamaktadır. Bu tarihlerde Kıreli kazasına bağlı bulunan yerleşimlerin isimleri, Kıreli, Balganda, Budak, Çavuş, Çukurkent, Ebülvefa, Fele, Göçeri, Görünmez, Hordu, İlimen, Kaba, Kıyakdede, Kınık, Kiçi, Köşk, Öyük (Hüyük), Sadıkhacı, Selki, Suludere, Suvarık, Tozluca ve Yenice’dir.
Yakın zamanlara kadar nahiye merkezi olan Kıreli, merkezi özelliğini 1942 yılında Hüyük kasabasına devretmek durumunda kalmıştır. Nitekim Dâhiliye Vekâletinin 30-5-1942 tarih ve 12515 sayılı tezkeresi ile gönderilen kararnamesine göre; Hâlihazırda nahiye merkezi olan Kıreli köyünün nahiyeye bağlı köylere nazaran merkezi bir durumda olmadığı, nüfusunun artmadığı ileri sürülerek Kıreli nahiyesi merkezinin havası, suyu iyi ve her yönden gelişmeye elverişli olduğu belirtilen Hüyük köyüne nakledilmesi uygun görülmüştür. Bu tarihte Hüyük köyünde 241 ev bulunmakta ve 1.150 kişi yaşamaktadır. 1942 yılından itibaren öngörüldüğü gibi sosyal, beşerî ve ekonomik açıdan gelişme kaydeden Hüyük kasabası, 1987 yılında ilçe statüsüne kavuşmuştur.
