Vakanüvis Naima’ya göre Abaza olan İpşir Mustafa Paşa, asi Abaza Mehmet Paşa’nın kız kardeşinin oğludur. Dayısının yanında yetişen Mustafa Paşa’ya verilen İpşir lakabının ise mensup olduğu Abaza aşiretinin Apsıl kabilesi adından muharref olarak geldiği ifade edilmektedir. Mustafa Paşa’nın doğum tarihi ve babasının kimliği hakkında henüz bir bilgi yoktur. Abaza Mehmet Paşa’nın 1617’de Halep valiliği sırasında Tarsus sancağını Mustafa Paşa’ya aldığı malumdur. 1623 yılında II. Osman’ın intikamını almak üzere Erzurum’da ayaklanan Abaza Mehmet Paşa ile beraber Şarkîkarahisar’da Mürtaza Paşa’ya karşı yapılan mücadelede İpşir Mustafa da bulunmuştur. 1629’da yine Abaza Paşa’nın Bosna Valiliğine getirilmesi ile İpşir de onunla Bosna’ya gitti. Abaza’nın azlinden sonra yine onun yanında Silistre, Budin, Özi, Hotin havalisinde, Kamaniçe ve Turla Nehri boylarında bulunup, Lehlilerle yapılan mücadelelere katıldı. Abaza Mehmet Paşa ile İstanbul’a geldi. Abaza Paşa’nın öldürülmesinin ardından Kemankeş Kara Mustafa Paşa onu himayesine alarak saraya yerleştirdi. Silahtarlıktan mirahurluğa yükselen İpşir Mustafa Paşa, IV. Murat ile 1635’te Revan Seferi’ne gitti. 1639’da Bağdat Seferi’nden dönüşünde Büyük Mirahurluğa yükseldi. Nisan 1639’da vezaret ile Budin Valiliğine tayin edildiği için İstanbul’dan ayrıldı. Mart 1640 yılında Silistre’ye nakledildi. Silistre’den azlinde Filibe’de ikamet ettiği sırada İstanbul’a çağrılarak Maraş eyaletine tayin edildi (Ağustos 1641). Daha sonra Musul’a 1644’te ise Musul Valiliğinden Van’a naklolundu. Arkasından görevi Konya Valiliğine tahvil edildi. Bir müddet sonra da Tamışvar Beylerbeyliğine getirildi.
XVII. yüzyıl ortalarında İpşir Mustafa Paşa Anadolu’da nüfuzlu, kapısı halkı çok aynı zamanda devletin kendisinden çekindiği bir vali durumuna geldi. Devletin Asya topraklarında zuhur eden isyanları bastırabilecek yegâne valisi olduğu kanaati ile Anadolu eyaleti kendisine tevcih edilerek hemen Hamit sancağında ayaklanmış olan Kara Haydaroğlu Mehmet’in üzerine gönderilen kuvvetlerin başına serasker tayin edildi. Kara Haydaroğlu Mehmet’i 21 Mart 1648’de mağlup ettikten sonra, kendisine Sivas valiliği verilerek Varvar Ali Paşa üzerine gönderildi. İpşir Mustafa Paşa her ne kadar bu vazifeyi kabul etmek istemese de Varvar Ali Paşa’nın katline dair fermanın kendisine ulaşması üzerine mecburen Ali Paşa’nın üzerine yürüyerek 26 Rebiyülahir 1058 (20 Mayıs 1648)’de Çerkeş havalisinde onu öldürterek başını İstanbul’a gönderdi. Böylece Varvar Ali Paşa tarafından hapsedilen Karaman Beylerbeyi Köprülü Mehmet Paşa ve diğer bazı vezirler de ölümden kurtuldu. İpşir Mustafa Paşa’ya, gösterdiği bu başarıya karşılık Anadolu vilayeti mahsulü verildi. Bir yıl sonra da Nogay Paşaoğlu Arslan Paşa’nın katli ve Gürcü Nebi İsyanı’nın bastırılması ile vazifelendirildi. Şam Valiliğine tayinine kadar bunlarla meşgul oldu. Şam’da bulunduğu sırada Sayda ve Beyrut mukataaları sebebiyle Dürzî reisleri arasında çıkan anlaşmazlıkları halletmek için çaba sarf etti. Fakat Şam halkının ihaneti sonucu ayağından yaralandığı mücadelede Dürzî şeyhlerine mağlup oldu. 1650 Aralığında bu mağlubiyetin intikamını almayı düşünürken Halep Valiliğine ve hemen arkasından tekrar Sivas Valiliğine tayin edildi. Celali Abaza Hasan Ağa üzerine serdar olarak görev emri çıkmışsa da Abaza Hasan ile dostluğu ve ırki yakınlığı sebebiyle bu tayinden vazgeçildi. İpşir Paşa’ya bu defa Bağdat Valiliği verilerek Bağdat’a gönderilmesi kararlaştırıldı. Bu sırada Abaza Hasan üzerine serdar olarak eski şakilerden Karaman Beylerbeyi olan Katırcıoğlu Mehmet’in gönderilmesine kızan İpşir Paşa, Abaza Hasan ile birleşerek asi oldu ve Katırcıoğlu kuvvetlerini Aksaray yakınlarında mağlup etti. Böylece kendisi de celali oldu. Üzerine gönderilen kuvvetler İpşir’in kuvveti karşısında duramıyor İpşir’in de günden güne baskı ve tahakkümü artıyordu. Abaza Hasan’la birlikte 17 Eylül 1651’de Ankara’yı işgal etti. Kendisine itaat etmeyen başta vali olmak üzere ileri gelenleri öldürttü. Eskişehir’e de aynı şekilde tahakküm etti. Etrafa mütesellimler ve tuğralı emirler göndererek bu bölgeye tahakküm etmeye çalıştı. Sonra da merkezden İstanbul’daki ağaların devlet işlerine karışmasının önlenmesi, Şam Dürzîlerinden intikam alınması ve sipahilerin haklarının korunmasını istedi. Bu itibarla sipahiler onun arkasında duruyorlardı. Sonradan İstanbul’dan gönderilen Anadolu Beylerbeyi Boynueğri Mehmet Paşa’nın aracılığı ile ihtilaf giderildi. İpşir Paşa’ya Halep Valiliği, Abaza Hasan’a da Türkmen Ağalığı verildi.
İpşir Mustafa Paşa Şubat 1652’de Halep’e geldiği zaman büyük bir merasimle ve bol miktarda hediyeyle karşılandı. Bu hediyelerin bir kısmını Halep’in fakirlerine dağıttığı için halk tarafından “fukara babası” denildi.
İpşir Mustafa Paşa devlete nizam vermek gayesiyle ortaya çıktığı hâlde kısa süre sonra Halep’te keyfi uygulamaları ile hareket etmeye ve maiyetindeki iç-oğlanı, sekbanı halka zarar vermeye başladı. Hâlbuki kendisi ibadete düşkünlüğünden haram yemiyordu. Fakat halka mali olarak yaptığı zulümle ilgili şikâyet İstanbul’a ulaşmıştı. Tarhuncu Ahmet Paşa’nın sadareti sırasında kaptanıderya Derviş Mehmet Paşa vasıtasıyla, kapısı halkının bir kısmını dağıtması kendisine bildirildiyse de Abaza Hasan hadisesinden dolayı katledilme korkusuyla bu işe bir türlü yanaşmadı. Nihayet sadaret mührü felç arız olması üzerine Derviş Mehmet Paşa’dan alınarak 28 Ekim 1654’te Mirahur Mehmet Ağa vasıtasıyla Halep’e gönderildi. İpşir Mustafa Paşa’nın sadarete getirilmesinde en büyük amil, İstanbul’da bulunan devlet erkânının herhangi bir vezirde anlaşamamaları, Ayşe Sultan’ın baş ağası Mercan Ağa, Şeyhülislam Ebusait Mehmet Efendi ve Darüssaade Ağası Bayram Ağa’nın büyük rolü olmuştu. Diğer bir sebep ise Anadolu’da çıkması muhtemel bir celali ve İpşir Paşa gailesinin önlenmesi düşünülmüştü. İpşir Mustafa Paşa sadaret mührünü aldıktan sonra ilk icraata mührü getiren Mirahur Mehmet Ağa’yı hapsetmekle başladı. Sadrazamlığın kendisine tevcihini yakalanması için bir tuzak olarak algılayarak imparatorluğun doğru sınırlarındaki ve Anadolu’daki karışıklıkları düzeltmeden İstanbul’a gelemeyeceğini bildirdi. Bu durum, düşmanları tarafından tekrar celali olacağı haberlerinin yayılmasına ve onun sadarete getirilmesinde rolü olanları da telaşa sürükledi. Bu arada Sultan I. Ahmet’in Voynuk Ahmet Paşa’dan dul kalan kızı Ayşe Sultan’ın kendisine namzet gösterildiği ve nikâh töreninin İstanbul’da yapılacağı da bildirildi. İpşir Mustafa Paşa 1654 Aralığı başında, sipahilerin ileri gelenleri, kapısı halkı ve Abaza Hasan Ağa ile birlikte Halep’ten ayrıldı. Yol boyunca Şam, Diyarbakır, Erzurum ve Karaman vilayetlerinin daha önce satılan mukataalarının tekrar kendi adamlarına peşin paralarla satıldığını defterdarlara bildirdi. Antakya, Adana, Karaman, Konya yolunu takip ederek, yol boyunca haklarında şikâyet olan vezirleri hapsettirdi. Kadıları ise yanındaki azledilmiş kadılarla değiştirdi. Kaptan-ı Derya Murat Paşa’nın talimatı ile kendisinden af dileyen eski düşmanı Katırcıoğlu’na dokunmayıp, Bolvadin, Afyon ve Kütahya üzerinden ilerledi. 1655 Şubat ayı başlarında İzmit’e geldi. İstanbul’da kendisine taraftar olanlarla muhalifleri arasındaki mücadeleleri bildiği için İzmit’te bekledi. İstanbul’daki hadiselerden günü gününe haberdar oluyordu. Nihayet bir hatt-ı hümayunla İzmit’e gönderilen Reyhan Ağa’nın teminatı üzerine, Hereke, Gebze, Tuzla yoluyla Reyhan Ağa da yanında olduğu hâlde 25 Şubat 1655’te Üsküdar’a ulaşarak nişanlısı Ayşe Sultan’a ait saraya yerleşti. Şerefine tertip edilen muhteşem ziyafetten sonra Şeyhülislam Ebusait Efendi ve Reyhan Ağa ile birlikte Saray-ı hümayuna giderek padişah ile ilk görüşmesini gerçekleştirdi. Bu görüşmeden sonra huzura kavuştuğu için, Eyüb Sultan’ı ziyaret eden İpşir Mustafa Paşa büyük bir merasimle geldiği sarayda 28 Şubat 1655 tarihinde de Ayşe Sultan’la evlendi.
Görevine başlayan İpşir Mustafa Paşa öncelikle, azil, atama ve müsadere işleri ile ilgilendi. Kısa sürede sertleşerek kendisine muhalif olanları sürgün ve katl yoluyla bertaraf etmeye çalıştı. Çok geçmeden kendisine yakın olan Abaza Hasan Ağa ve Kürt Mehmet dahi aleyhine döndü. Tek seveni Kaptanıderya Kara Murat Paşa’ya cephe alınca onunla da arası açıldı. İstanbul’a beraberinde getirdiği sarıca ve sekban zümresinden ve taşradaki adamlarından devamlı şikâyet ediliyordu. Kendisinden menfaat bekleyen sipahiler de isteklerinin yerine getirilmediğini görünce yeniçerilerle birleştiler. Böylece memnuniyetsizlik kısa sürede had safhaya vardı. Nihayet Kürt Mehmet Ağa sipahilerle anlaşarak Kaptanıderya Murat Paşa’yı sadarete geçirmeye karar verdiler. 8 Mayıs 1655’te Kürt Mehmet ve Murat Paşa’nın tahrikiyle isyana başlayan asiler İpşir Mustafa Paşa ile kethüdasının kendilerine teslimini istediler. Topkapı Sarayı’na sığınan İpşir Paşa’nın sarayı yağmalandı. Topkapı Sarayı’nda yapılan toplantıda hiç kimsenin kendi lehinde konuşmaması üzerine Paşa sadaret mührünü padişaha teslim etti. Yerine Murat Paşa tayin edildi. Asilerin dağılmaması üzerine İpşir Paşa 5 Recep 1065 (11 Mayıs 1655) tarihinde idam edildi. Çarşıkapı’da Halıcı Hasan Camii civarındaki Kemankeş Kara Mustafa Paşa Türbesi yanına defnedildi. Bu mahal daha sonra istimlâk edilerek yol yapılmıştır.
İpşir Mustafa Paşa’nın Konya valiliğinin yaklaşık sekiz ay kadar sürdüğünü ifade etmek mümkündür. Çünkü onun adına gönderilen bir belgede 7 Safer 1056, başka bir belgede de Evasıt-ı Şevval 1056 tarihi bulunmaktadır. İpşir Paşa’nın Konya valiliği zamanındaki icraat ve faaliyetleri hakkında pek bilgi bulunmamaktadır. Yalnız onun Konya’da “Çalık Mustafa” adlı bir sipahi ile “Beyzâde” adlı bir adamının bulunduğu, bu kişilerin halka zulmettikleri, haksız muamelede bulundukları, İpşir Paşa adına halktan bazı kişilerin para, eşya ve mallarını gasp eyledikleri ve şikâyet üzerine gönderilen hükümle bunların iadesinin istendiği görülmektedir. Yine İpşir Paşa’nın kaimmakamı olan “Hüseyin” adlı birinin şehir halkına zulmetmesi üzerine Konya kadısı marifeti ile İstanbul’a gönderilmesi emredilmiştir. Bu belgelerden anlaşılıyor ki, İpşir Paşa’nın Konya valiliği döneminde halkın şikâyetleri bir hayli artmıştır.