Vekil-i Harç Hacı Ahmet Ağa ve Bektaş Hacı Seyit Efendi Medresesi adı da verilen Köprübaşı Medresesinin yeri, Zincirli Kuyu Mahallesi’nde, Cumhuriyet Devrinde polis karakolu olarak kullanılan alandadır. Medrese, Vekil-i Harç Hacı Ahmet Ağa tarafından yaptırılmıştır. Onun için ilk adını Ahmet Ağa’dan almıştır. Eğitime başladığı 1723 yılı, aynı zamanda yapımının bittiği tarihtir. Bir buçuk asırlık bir aradan sonra, 1875’te Hacı Seyit Efendi tarafından yeniden yapılmıştır. Mimari olarak, Osmanlı Dönemi medreseleri tipinde, yani düz-toprak damlı, açık avlulu olduğu düşünülmektedir. Dokuz odası vardır. Bunlara, dershane, mescit, ahır, helâ, misafirhane vb. kısımları eklemek gerekmektedir. Medrese, 1924’ten sonra yıktırılmıştır.
Köprübaşı Medresesinin bilinen ilk müderrisi, Ramazan oğlu Mustafa Efendi’dir. Ardından müderris ve mütevelliliğini Abdülkerim Efendi (ö. 1848) yapmıştır. Bundan sonra bilinen müderrisi, medreseyi yeniden yaptıran Hacı Seyit (Ebubekir) Efendi (ö. 1895)’dir. Son müderrisleri ise Seyit Mehmet Efendi (ö. 1932), Hacı Veyis Efendi* (1858-1935), Hacı Ali Efendi (Rıza Şuhudi Öğütlü, 1873-1950), Küçükköylü Hacı Ali Rıza (1887-1956) efendilerdir.
Medresede, 1882’de otuz beş talebe, Molla Cami ve Izhar okumuştur. 1883’te talebe miktarı yirmi beş, 1914’te otuz beştir. Köprübaşı Medresesi, 1924’te kapatılıncaya kadar faal kalmıştır. Medreselerin kapatılmasından sonra binası yıkılarak yerine polis karakolu yapılmıştır. Halk tarafından kabul gören “Köprübaşı” adı, karakol için de kullanılmıştır.
