Bozkır’a bağlı Karacahisar’da doğdu. Babası Şeyh Muhammed Kutsi (Memiş) Efendi (ö. 1852)’dir. Soyu Hz. Peygamber’e dayanmaktadır. Annesi Bozkır Şeyhi’nin kızı Emine (Emiş) Hanım’dır. Bahaeddin Efendi ve nesline şeyh oğlu ve torunu oldukları için “Şeyhzade” lakabı verilmiştir.
Eğitimini babasının yanında tamamlayan Bahaeddin Efendi, Hocaköy’deki medresesinde 1852-1862 yılları arasında öğrenci okuttu. 1845’te Konya Valisi Ebu Bekir Sami Paşa tarafından yaptırılan medresenin müderrisi Himmet Efendi’nin 1862’de vefatından sonra bu medreseye Muhammed Bahaeddin Efendi getirildi. Muhammed Bahaeddin Efendi vefat edinceye kadar bu medresede görev yaptı. Paşa Dairesi de denilen medresede 1874 yılında 16, 1882 yılında 30, 1901 yılında ise 40 öğrenci olup, Bahaeddin Efendi bunlara Kâdı Beyzâvî, Şerh-i Akâ’id, Dürrü’n-Nâcî, Dürrü’l-Muhtâr ve Molla Câmi okutmuştur. Yetiştirdiği öğrenciler arasında Hacı Veyiszade Mustafa Efendi de vardır. Bahaeddin Efendi, Kapı Camii yakınında bulunan Yılanlı Medresesinde de bir müddet müderrislik yapmıştır.
İplikçi Camii imamlığı ve Nakşî-Halidî tarikatının şeyhliğini yapan Bahaeddin Efendi, Konya’da kısa zamanda sevilen biri oldu. Yanı sıra dönemin padişahı Sultan II. Abdülhamit’in de özel ilgisine mazhar oldu.
Muhammed Bahaeddin Efendi, babası gibi İslami ölçülere saygılı bir tasavvuf anlayışını benimsedi. Zeynelabidin Efendi, Fahreddin Kulu, Rıfat Efendi, Hasan Kutsi Efendi, Halit Efendi, Hacı Mükremin Efendi, Akşehirli Mustafa Efendi, Muhammed Kutsi Çakıllı, Abdüllatif Efendi ve Şeyh Seyyit Ali Bengaldevi el-Hindî Bahaeddin Efendi’nin halifelerindendir.
Bahaeddin Efendi, müspet ilimlerle beraber akli ilimlerin bir arada okutulmasını tavsiye ederdi. Islah-ı Medaris’in fikrî temelleri bu zat devrinde atıldı.
Konya uleması arasında da büyük bir saygınlığı olan Bahaeddin Efendi, Kütüb-i Sitte hafızıydı. Hadis ilmini Babası Muhammed Kutsi Efendi ve Kadınhanılı Ahmet Kutsi Efendi’den almıştır.
Muhammed Bahaeddin Efendi’nin hanımı, Ödemişli Hasan Kutsi Efendi’nin kızı Ayşe Hanım’dır. Ayşe Hanım, 1906 yılından önce vefat etmiştir. Şems Mahallesi’nde ikamet eden Bahaeddin Efendi’nin, bu evliliğinden Zeynelabidin, Rıfat ve Ahmet Ziya adlarında üç çocuğu oldu. Çocuklarının eğitimiyle de yakından ilgilenen Bahaeddin Efendi, onların medrese ile birlikte modern eğitim almalarını da sağladı. Bu üç kardeş, medreselerin ıslahı için çalışmışlar ve 1909’da Konya’da Islah-ı Medaris-i İslamiyye Medresesini kurarak burada hocalık yapmışlardır.
22 Cemaziyelevvel 1324 (14 Temmuz 1906) tarihinde Konya’da vefat eden Muhammed Bahaeddin Efendi, Hacı Fettah Mezarlığı’ndaki türbesinde metfundur.
Arapça, Farsça, Fransızca ve Ermenice bilen Bahaeddin Efendi, Ba’isü’l-mağfire fi Beyâni akvali’l-vahde (vahdet-i vücut görüşüne sahip olduğunu iddia eden bir şahsa reddiye) ve İkâzü’n-na’imîn ve Tenbihu’l-gâfilîn adlı eserlerini Arapça olarak kaleme almıştır. Ayrıca Şemsu’ş-Şumûs adlı eserin Memiş Efendi’yi anlatan kısmı Bahaeddin Efendi’ye aittir.
Kütüphanesi vefatından sonra Islah-ı Medaris’in kütüphanesine aktarılmış; Islah-ı Medaris 1917’de kapandıktan sonra da kitapları Rıfat Efendi’nin oğlu Ahmet Erenmemiş’te kalmış; 12 Şubat 1962’de de Yusufağa Kütüphanesi’ne bağışlamıştır. Bu kitaplardan bir kısmı yazma hâlindedir.
Bahaeddin Efendi üzerine Ali Çoban tarafından “19. Yüzyıl Osmanlı Şeyhlerinden Muhammed Bahâeddin Efendi ve ‘Îkâzu’n-Nâimîn’ Adlı Eserindeki Tasavvuf Anlayışı” (2007) başlıklı tezle bir yüksek lisans çalışması yapılmıştır.
Muhammed Bahaeddin Efendi'nin mezarından bir görünüm
