Karamanoğulları Döneminde, XV. yüzyılda, Konyalı Hoca Muin tarafından Beyhekim Mahallesi’nde, günümüzde İl Sağlık Müdürlüğünün bulunduğu arsa üzerine yaptırılmıştır. Bina tamamlandığında, bitişiğinde bir de mescit bulunmaktaydı.
Muiniye Medresesinin Konya içinde ve dışında zengin vakıfları bulunmaktadır. Osmanlı Döneminde tutulan kayıtlardan, medresenin 1868 yılından 1890 yılına kadar eğitim-öğretim faaliyetine devam ettiği anlaşılmaktadır. Medrese bu dönemde bir mescit, bir dershane ve altı hücreden oluşmaktaydı. 1894-1895 yıllarında 23 civarında öğrencisi bulunmaktadır. 1895’ten sonra harap durumda olması nedeniyle tamire başlandığı, tamir işinin yeterli para bulunamadığından uzun yıllar devam ettiği ve bu dönemde eğitim-öğretime ara verildiği bilinmektedir. Daha sonraki yıllarda tamiri tamamlanan Muîniye Medresesi’nde 1907-1924 yılları arasında eğitim-öğretime devam edildiği Osmanlı kayıtlarından anlaşılmaktadır. Muîniye Medresesi günümüze kadar gelememiştir zira 1925 yılında yıkılarak yerine Doğum ve Çocuk Bakımevi inşa edilmiştir.
