Mübarizeddin Ertokuş hakkında ilk bilgilere I. Gıyaseddin Keyhüsrev zamanında rastlanmaktadır. Mübarizeddin Ertokuş, büyük bir ihtimalle I. Gıyaseddin Keyhüsrev’in İstanbul’daki sürgün hayatında (1196-1204) yanında idi. Ancak Ertokuş, kaynaklara I. Gıyaseddin Keyhüsrev’in Antalya’yı almasından (1207) sonra yansımıştır. Gurbette I. Gıyaseddin Keyhüsrev’in yanından hiç ayrılmayan Mübarizeddin Ertokuş’a Antalya ve çevresinin fethinden sonra bölgenin idaresi, yani sübaşılık görevi, verildi (1207). Ertokuş bu tarihten sonra uzun süre bölgenin sübaşılığını yaptı. I. Gıyaseddin Keyhüsrev, İznik Bizans İmparatorluğu ile yaptığı ve yenik düştüğü Alaşehir Savaşı’nda öldürülünce (1211); Türkiye Selçuklu Devleti’nde kısa süreli de olsa oğulları arasında taht mücadelesi yaşandı. Büyük oğul I. İzzeddin Keykavus Kayseri’de tahta çıktı. Bunun üzerine kardeşi I. Alâeddin Keykubat, müttefikleri Tuğrulşah, Ermeni Kralı II. Leon ve Yağıbasanoğlu Zahirüddin İliğ ile birlikte Kayseri’yi kuşattı. Ancak bu kuşatma başarılı olamayınca Ankara’ya çekilmek zorunda kaldı. 1213 yılına kadar devam eden bu mücadele sonucunda I. İzzeddin Keykavus başarılı oldu. Bu taht mücadelesi sırasında Antalya tekrar elden çıkmış buradaki Selçuklu askerleri ve Müslümanlar katledilmiş idi. Yeni Sultan I. İzzeddin Keykavus, Sinop’u aldıktan (1214) sonra Antalya üzerine sefere çıktı ve Antalya’yı yeniden aldı (1216). Buraya tekrar Mübarizeddin Ertokuş’u sübaşı olarak tayin etti. Bu görevi zamanla Isparta, Burdur ve Denizli’ye kadar genişledi. Burada uzun süre kalan Ertokuş, bölgeyi çok iyi tanıdı.
I. Alâeddin Keykubat tahta çıktığında Mübarizeddin Ertokuş yine en güvenilen emirler arasındadır. Alaeddin Keykubat, babası I Gıyaseddin Keyhüsrev, ağabeyi I. İzzeddin Keykavus zamanında yapılan anlaşmaları daha da genişletip, Venedikliler de anlaştı. Sultan bu anlaşmayla beraber Akdeniz sahilindeki korsanlık faaliyetlerini bitirmek istiyordu. Bunun için özellikle korsanların merkezi hâline gelen Akdeniz sahilindeki Calonoros’u (Alanya) almak istiyordu. Bu iş için bölgeyi çok iyi tanıyan Mübarizeddin Ertokuş da I. Alâeddin Keykubat’ın en büyük yardımcılarından biri olacaktır. Mübarizeddin Ertokuş, Alanya kuşatmasında kale hâkimi Kyr Fard’ı da yakından tanıdığından Alanya Kalesi’nin tesliminde önemli rol oynadı. Alanya alındığında bölgenin imarı ve yapılanmasında da Mübarizeddin Ertokuş büyük çaba sarf etti. Alanya’nın alınmasından sonra Ermeniler üzerine yapılan seferde de önemli rol üstlendi. Mübarizeddin Ertokuş, oluşturulan filo ile denizden sefere katıldı. Bu sefer sonucu Anamur, Silifke, Mersin’e kadar limanlar Selçukluların eline geçti. Karadan ise Mübarizeddin Çavlı, Emir Mavrozomes sefere katılmıştı.
Mübarizeddin Ertokuş’un son görevi atabeylik olmuştur. Alâeddin Keykubat Mengücek ilini alınca büyük oğlunu Erzincan ve çevresine melik tayin etti. Emir Mübarizeddin Ertokuş’u da oğlu II. Gıyasedin Keyhüsrev’e atabey tayin etti (1228). Alâeddin Keykubat ölmeden önce (1237) oğluna atabey olarak Emir Şemseddin Altunaba’yı tayin ettiğine göre bu tarihten önce Ertokuş ölmüş olmalıdır.
Mübarizeddin Ertokuş sadece siyasi kişiliği ile öne çıkmaz, yaptırdığı imar faaliyetleri ile de adından söz ettirmiştir. Eğirdir Gölü kenarında inşa edilen kervansarayı (1203-04) ile Atabey’de (Agros) bulunan medresesi (1224), ölümünden sonra kaleme alınan vakfiyesindeki eserlerinin en önemlileridir. Bunun dışında Sivas-Erzincan yolu üzerinde, bugün kitabesi mevcut olan, fakat vakfiyesinde adı geçmeyen bir köprü inşa ettirmiştir.