Türkiye’nin en büyük tatlı su rezervine sahip Beyşehir Gölü, gerek su içi gerekse adalar ve kıyılarında oldukça zengin biyo-çeşitliliğe sahiptir. Günümüze kadar yapılan çalışmalar ışığında gölde aşağıdaki canlı grupları tespit edilebilmiştir:
Göl içerisinde yapılan bir çalışmada (Akköz-Küçüködük, 2006) Bacillariophyta, Chlorophyta, Cyanophyta, Dinophyta ve Euglenophyta ordolarına mensup 221 adet alg türü tespit edilmiştir. Göl suyunda yaşayan ve bir kısmı gözle görülmeyen mikroskobik bitki olan bu türler oksijen üreterek ve besin zincirinin ilk halkasını oluşturarak balık beslenmesine katkıda bulunurlar.
Beyşehir yöresinde yapılan bir çalışmada (Afyon-Yağız, 2006) bir kısmı adalar ve kıyılarda da yetişen Ascomycetes sınıfından beş, Basidiomycetes sınıfından on altı adet olmak üzere yenen ve yenmeyen yirmi bir şapkalı mantar türü bulunmuştur. Bunlar içerisinde en bilinenler, Morchella vulgaris (kuzu göbeği), M.esculenta (kuzu göbeği) ve Agaricus campestris (kültür mantarı)’tir.
Gölde su içinde ve nemli kıyılarda yapılan bir çalışmaya (Küçüködük,1989) göre başta Nymphaea alba (nilüfer), Nuphar lutea (ulufar), Phragmites australis (kamış) ile yastık ve hasır yapımında kullanılan Typha angustifolia ve Schoenoplectus littoralis gibi 100 civarında çiçekli su bitkisi tespit edilmiştir.
Göl içerisindeki adalar ve yakın kıyılarda yapılan bir çalışmada (Küçüködük, 1994) ise 250 civarında ağaç, çalı ve otsu türler tespit edilmiştir. Bunlar içerisinde Juniperus excelsa (ardıç), Quercus cerris (saçlı meşe), Quercus pubescens (tüylü meşe), Berberis crataegyna (karamuk), Pistacia terebinthus (menengiç), Juniperus oxycedrus (katran ardıcı, andız), Cotoneaster nummularia (dağ muşmulası) ilk göze çarpanlardır.
Gölde 1976-1978 yılları arasında yapılan bir araştırmada (Erdemli, 1982), Alburnus akili (gövce), Acanthorutilis anatolicus (yağca), Capeota pestai (siraz), Chondrostoma regium (kızılkanat), Cyprinus carpio (sazan), Cobitis taenia ve Noemachoilus angora balıklarının yanı sıra dünyada sadece Beyşehir Gölü’nde yaşayan ve endemik olan Cobitis bilseli (yılan balığı), Gobio gobio microlepidotus (kaya balığı) ve Leuciscus lepidus (akbalık) tespit edilmiştir. Beyşehir Gölü’ndeki bu doğal balıkların yanında göle sonradan Tinca tinca (kadife balığı), Sander lucioperca (sudak) ve Ctenopharyngodon idella (ot sazanı) aşılanmıştır. Sonradan aşılanan bu türler, göl içerisinde doğal yapıyı bozmuş ve yukarıda bahsi geçen balıkların önemli bir bölümü yok olmuştur. Yine 1980’li yıllarda gölde çok miktarda avlanan ve önemli bir gelir kaynağı olan Astacus leptodactylus (böcek, tatlı su ıstakozu) ortaya çıkan bir bulaşıcı mantar hastalığı sonucu önemli oranda yok olduğundan günümüzde nadiren avlanmaktadır.
Beyşehir Gölü ve adalarda yapılan bir çalışmada (Erdoğan vd., 2006), 245 kuş türü tespit edilmiştir. Bunlardan 72’si yerli, 84’ü yaz göçmeni, 47’si kış göçmeni ve 42’si transit göçmendir. Pediceps cristatus (tepeli batağan), Pelecanus crispus (tepeli pelikan), Ardea purpurea (alacabalıkçıl), Ciconia ciconia (ak leylek), Phaenicopterus ruber (flamingo), Cygnus olor (kuğu), Todorna todorna (suna), Anas platyrhynchos (yeşilbaş ördek), Circaetus gallicus (yılan kartalı), Buteo rufinus (kızıl şahin), Alectoris chukar (keklik), Fulica atra (sakar meke), Grus grus (turna), Luscina megarhynchos (bülbül) bunlardan bazılarıdır.
Beyşehir Gölü’ndeki on sekiz adada yapılan bir çalışmada (Öz vd., 2006) tamamı adalardan ilk defa kaydedilmek üzere üç kurbağa, iki kaplumbağa, beş kertenkele ve dört yılan türü tespit edilmiştir. Bunlardan bazıları Bufo viridis (gece kurbağası), Hyla arborea (ağaç kurbağası), Rana ridibunda caralitana (ova kurbağası), Ermys orbicularis (benekli kaplumbağa), Tetudo gracea(tosbağa), Cyrtopodion kotscyi (keler), Mabuya vittata (çizgili kertenkele), Coluber caspicus (hazer yılanı) ve Natrix tesellata (su yılanı)’dır.
