Bahaeddin Veled, Belh’ten çıktıktan sonra yıllar süren bir yolculuğun ardından Karaman’a (Larende) ulaştığında burada oğlu Mevlâna’yı Şerafeddin Lala’nın kızı Gevher Hatunla evlendirdi. 1225 yılında olduğu tahmin edilen bu evlilikten 1226 yılında babasının adını verdiği Muhammed Bahâeddin (Sultan Veled) ve 1227’de orada vefat eden ağabeyinin adını koyduğu Alâeddin Muhammed (Alâeddin Çelebi) dünyaya geldi. 1228 yılında Sultan Alâeddin Keykubat (1219-1236)’ın daveti üzerine Konya’ya gelen aile buraya yerleşti. Kısa süre sonra vefat eden Bahâeddin Veled’in yerine, oğlu Mevlâna Konya’da ve Şam’da eğitimini tamamlayarak müderrislik makamına oturdu. Bir taraftan medresede öğrencilerini yetiştiren Mevlâna diğer taraftan iki oğlunun eğitimi ile de ilgilenip, zaman zaman da derslerinde onları yanında bulundururdu. Böylece Alâeddin Çelebi ve ağabeyi Sultan Veled’in ilk eğitimi başlamış oldu.
Mevlâna, büyüğü yedi, küçüğü altı yaşındayken iki oğlunu ziyaret için gittiği Karahisar Kalesi’nde (Afyonkarahisar) ısrarlara dayanamayarak sünnet ettirdi. Yapılan düğünde Sultan Alâeddin Keykubat da hazır bulunmuştur. Bu arada çocukların annesi Gevher Hatun’un vefatıyla küçük olan Alâeddin Çelebi daha çok anne tarafından dedesi Şerafeddin ve anneannesi Kerâ-yı Bozorg (Büyük Kera)’un mahiyeti ve bakımına verilip onların Meram bağlarındaki evlerinde hayatını sürdürdü.
Eğitim çağı gelince Mevlâna’nın isteğiyle Şam’a eğitim için giden Sultan Veled ve Alâeddin Çelebi’nin burada kaç yıl kalıp, hangi eğitimleri aldığı ise kaynaklarda yer almamaktadır. Ancak yanlarında dedeleri Şerafeddin’in de olduğu Mevlâna’nın bir mektubundan anlaşılmaktadır (LXII. Mektup). Konya’ya dönüşlerinden sonra ise ağabey, babası Mevlâna’nın yanından hiç ayrılmazken Alâeddin Çelebi babasının derslerine zaman zaman devam etmekte, ancak zamanının çoğunu Meram’daki anneannesinin evinde ve kendi arkadaş çevresinde geçirmekteydi. Babası ve ağabeyi ile bu dönemlerde -tasavvufî düşünceyi benimsememesi dolayısıyla- fikir ayrılığına düşen genç Alâeddin Çelebi, biraz da sert mizacı gereği onlarla tartışmakta ve vaktini, hatta gecelerini daha çok kaldığı anneannesinin ve babasının evi dışında geçirmekteydi. Mevlâna, oğlu Alâeddin’e yazdığı mektuplarda ve onun için yazdığı tahmin edilen bazı gazellerinde bu anlaşmazlığı dile getirmekte ve oğlunu “başka pazarlarda iş görme yerine, kendi pazarına” davet etmektedir. Alâeddin Çelebi hakkında çok sınırlı, ancak tutarsız bilgilerin nakledildiği Eflâkî Dede’nin Menâkıbü’l-ârifîn’ine göre Şems-i Tebrizî’nin Konya’ya gelip (1244) Mevlâna ile hem-hâl olmasıyla da bu fikir ayrılığı hat safhaya ulaşmıştır. Yine aynı kaynağın ve Sipehsalar’ın Risâle’sinde nakledildiğine göre Şems’in, Mevlâna’nın müderrislik görevini bırakıp derslerini terk etmesine sebep olduğu ve babasının manevi kızı Kimya ile evlenmesi neticesinde, bu kıza yakınlık duyan Alâeddin Çelebi’nin kızgınlığı iyice artmış ve kendisiyle aynı düşünceyi paylaşan şehir halkıyla birlikte hareket eder olmuştu. Yine Alâeddin Çelebi Meram’dan zaman zaman kendi evlerine geldiğinde Şems ile Kimya Hatun’a ayrılan evin bölümüne geçmemesi konusunda ikaz edilmesi de onun ve çevresinin daha da sertleşmesine sebep olmuş “Şems, kimin evinden kimi uzak tutuyor” öfkesiyle ona karşı olan düşmanlığı artırmıştı. Bu iki kaynaktan daha önce Sultan Veled tarafından kaleme alınan İbtidâ-nâme’de ise şehir halkının Şems’e kızgınlığı, Şems’in Konya’dan ayrılışı ve sebepleri gibi konularda detaylı bilgiler verilirken kardeşi Alâeddin Çelebi’nin bu kişiler arasında olduğu ve yukarıda anlatılanları teyit edici hiçbir kayıt yoktur. Şems’in 1247 yılı sıralarında öldürülmesi veya kendi deyimiyle “bir daha kendisinden haber alınamayacak şekilde” Konya’yı terk etmesi sonucu Alâeddin ve çevresindekiler zan altında kalmış, Eflâkî Dede’ye göre Mevlâna da oğlunun sevgisini kalbinden çıkarmıştı. Alâeddin Çelebi’nin bu tarihten itibaren vefatına kadar ne yaptığı ve nerelere gittiği konusunda dönemin kaynakları bilgi vermez. Ancak Mevlâna’nın ona yazdığı bir mektuptan Meram’daki evde bulunduğu ve şehre gelmediği anlaşılmaktadır. Mevlâna bu mektubunda (VII. Mektup) oğluna müderrislerin övüncü anlamında “iftihârü’l-müderrisîn” diye hitap etmesi, onun iyi bir müderris olduğu ve öğrencilerinin bulunduğunu göstermektedir. Mevlâna’nın aynı hitapla yazdığı başka bir mektubunda (LXVII. Mektup) oğluna “Kötülükten dönüp tövbe edenlerin sevgilisi” diye seslenmesi de Alâeddin Çelebi’nin yaptıklarından pişman olduğu şeklinde yorumlanabilir.
660 yılı Şevval ayının sonlarında (15? Eylül 1262) bir hastalık sonucu Konya’da vefat eden Alâeddin Çelebi, dedesi Bahâeddin Veled’in yanı başında toprağa verildi. Sadece Eflâkî Dede’nin naklettiği rivayete göre ise Mevlâna oğlunun cenazesine katılmamıştır. Yine aynı kaynağa göre Mevlâna oğlunun vefatından bir müddet sonra mezarını ziyaretinde kireçle sıvalı duvarına bir beyti Arapça, bir beyti Farsça (Mesnevî, II, 335) “Eğer senin merhametini yalnız iyilerin ümit etmesi lâzımsa, mücrimler kime gidip sığınsınlar. Ey kerîm olan Allah! Eğer sen yalnız iyileri kabul edersen, kötüler kime yalvarıp yakarsınlar” anlamındaki mısraları bizzat kendi eliyle yazmıştır. Sultan Veled de kardeşinin vefatı üzerine birkaç rubai söylemiş ve onu “Alâeddin hünerde, fazilette biricik idi” gibi sözlerle taltif etmiştir. Alâeddin Çelebi’nin mezar taşının başındaki “es-Sadr” ibaresinden de onun bilgili, hünerli ve değerli bir müderris olduğu anlaşılmaktadır. Sonraki yıllarda oluşan Mevlevîlik kültürü içerisinde de malum sebeplerden dolayı Alâeddin Çelebi’den çok fazla söz edilmemekle birlikte Ayin-i Şerif’teki Post Duası’nda diğer yol büyükleriyle birlikte onun adı da anılmaktadır.
Alâeddin Çelebi’nin vefatından sonra Mevlâna’nın Konya kadısı Sirâceddin’e yazdığı bir mektupta (XXXII. Mektup) oğlunun vefatıyla kalan mirasının yetimler arasında nasıl paylaştırılacağı ve bu işte yetkili kimin olacağına dair ibarelere yer vermesi onun evlenip çocuk sahibi olduğunu göstermektedir. Ancak eşinin kim olduğu ve kaç çocuğunun bulunduğu hakkında kaynaklarda bilgi yer almazken F. Nâfiz Uzluk, Prizrenli Süleyman Dede’nin Mir’âtü’s-safâ adlı yazma hâlindeki eserine dayanarak Alâeddin Çelebi’nin Selçuklu veziri Sahipata Fahreddin Ali’nin kızı Kera Hatun’la evli olduğunu belirtir ve 1288 yılında vefat eden bu hanımın Mevlâna Dergâhı’nın avlusuna defnedilmesini ve mutat zamanlarda mezarı başına kandil yakılmasını da delil olarak gösterir. Yine, Eflaki Dede’ye ve bu eseri kaynak alan bazı bilim adamlarına göre Alâeddin Çelebi’nin çocukları Kırşehir’e gidip orada yaşamışlar, ancak Uzluk’a göre ise -orada bulunan mezar taşlarından hareketle- Akşehir’e yerleşmişler, anne tarafından dedeleri Sahipata Fahreddin Ali’nin medrese ve hankâhında görev almışlar ve zamanla soyları kaybolmuştur.