Balıkesir’in Burhaniye ilçesinde doğdu. Burhaniye Rüştiyesini bitirdikten sonra orta tahsilini Bursa İdadisinde yaptı. Mekteb-i Mülkiye-i Şahaneden Temmuz 1909’da mezun oldu. Mezuniyetini müteakip mülkiye memurluğuna başladı. Sırasıyla Bursa (Hüdavendigâr) Vilayeti Maiyet Memurluğu (20 Ekim 1909-20 Ekim 1912), Çifteler Nahiyesi Müdürlüğü (16 Ağustos 1914-9 Kasım 1915), Mihalıççık Kazası Kaymakamlığı (16 Kasım 1915-2 Ağustos 1917), Kalecik Kazası Kaymakamlığı (14 Ağustos 1917-26 Nisan 1919), Haymana Kazası Kaymakamlığı (1 Mayıs 1919-10 Nisan 1920), Çorum Sancağı Mutasarrıflığı (21 Nisan 1920-9 Ekim 1921), Çankırı Sancağı Mutasarrıflığı (23 Ekim 1921-8 Eylül 1922), Denizli Sancağı Mutasarrıflığı ve Vilayeti Valiliği (5 Ekim 1922-26 Haziran 1925), Diyarbakır Vilayeti Valiliği (12 Temmuz 1925-3 Eylül 1926), Elazığ (Elaziz) Vilayeti Valiliği (4 Eylül 1926-5 Kasım 1929), Çorum Vilayeti Valiliği (13 Kasım 1929-4 Mayıs 1933), Konya Vilayeti Valiliği (10 Mayıs 1933-31 Aralık 1938) görevlerinde bulundu.
Bardakçı, Millî Mücadele’nin başladığı tarihlerdeki Haymana Kaymakamlığı esnasında Ankara Valisi Yahya Galip (Hakan) Bey tarafından 1919 Eylülünün sonlarında Ankara Polis (Emniyet) Müdürlüğüne getirildi. Heyet-i Temsiliye’nin Ankara’ya gelişine kadar bu görevi sürdürdü. Atatürk’ün Ankara’ya gelişinde güvenliği sağlamada büyük hizmetler verdi.
Çorum’da bazı şahıslarca halkın Kuva-yı Milliye aleyhine tahrik edildiği istihbaratı üzerine Atatürk tarafından kabul edilen Bardakçı, önce vekâleten, ardından asaleten Çorum Mutasarrıflığına atandı. Çorum’da düzeni sağlayan Bardakçı, yaptığı toplantılarla halkı Kuva-yı Milliye hakkında bilgilendirdi. Bu süreçte Hacı Bektaş’a da giden Bardakçı, Şeyh Cemaleddin Efendi’yle görüşüp Alevilerin millî davaya bağlılığını pekiştirerek Anadolu’da bir mezhep çatışması çıkmaması için gereken tedbirleri aldı. Çorum Mutasarrıflığı sırasında Çapanoğulları İsyanı’nı yakından takip etti. Bu kritik zamanda bilhassa şakilerin yakalanmasında millî hükümetin vaziyete hâkim olmasında büyük katkılar sağladı. Millî Mücadele sırasında Çankırı ve Denizli Sancağı mutasarrıflıklarında bulunan Bardakçı, millî davaya gönülden bağlı bir idareci olarak büyük hizmetlerde bulundu ve Elazığ Valiliği sırasında Millî Mücadele’deki üstün gayret ve fedakârlıklarından dolayı beyaz şeritli istiklal madalyası ile taltif edildi.
Şeyh Sait İsyanı’nın hemen akabinde tayin edildiği Diyarbakır ve Elazığ vilayetlerindeki devlet nüfuzunun zayıflatılmasının sebepleri üzerine kafa yorarak üstlerine sunmak üzere raporlar hazırladı. Onun raporları doğrultusunda buralar için birtakım kanuni düzenlemeler yapılmıştır.
Bardakçı, genç yaşta emekli edildikten sonra 1942-45 yılları arasında Yeni Babacan ve Babacan adlarıyla bilinen ve haftada iki gün (salı, cuma) basılan bir siyasi gazete çıkardı. 1942 sonlarında Yeni Babacan ismiyle çıkmaya başlayan gazete, 8 Haziran 1943’ten itibaren Babacan ismiyle yayımlandı. Yeni Sabah ve Vatan gazetelerinde yazarlık da yapan Bardakçı, İstanbul’da, Tasavvuf, Ankara’da, Sohbet adlı tasavvufi dergileri neşretti.
Fatma Nuriye Hanım’la evli olan Ali Cemal Bardakçı, iki kız bir erkek çocuk babasıydı. Ülkemizin tanınmış tarihçi ve gazetecilerinden İlhan Bardakçı onun oğludur. Günümüzün tanınmış gazeteci yazarlarından Murat Bardakçı da oğlundan torunudur.
Atatürk’ün en gözde valilerinden olan Ali Cemal Bardakçı, Atatürk’ün vefatında Konya valisi iken en verimli çağında, elli bir yaşında, isteği dışında emekli edildi (1938 yılı sonu). Fransızca bilen Bardakçı, uzun bir emeklilik hayatının ardından, doksan dört yaşında Ankara’da vefat etti (6 Haziran 1981). Ankara Cebeci Mezarlığı’nda metfundur.
Anadolu İsyanları (İstanbul, 1940), Devşirmelerle Sığıntılardan ve Mütegallibeden Neler Çektik (Bolu, 1942), Kızılbaşlık Nedir (İstanbul, 1945. Bu eserin ikinci baskısı Millî, Tarihî, Dinî, İktisadi Bakımlardan Alevilik, Ahilik, Bektaşilik adıyla 1950 yılında Ankara’da basılmıştır), Bizde Siyasi Partiler (İstanbul, 1946), İnsanda Nefsin Mahiyeti ve Bu Sırrın Çözümü (Ankara, 1948; 1961), Geçmişte Bir Partinin Yıkılışı ve İbret Levhaları (Ankara, 1961), Modern Fizik ve Tasavvuf Karşısında Ruh ve Ölüm (Ankara, 1961) Bardakçı’nın eserlerinden bazılarıdır.