Alâeddin Tepesi’nin güney-batısında, aynı adlı mahalle ve sokaktadır. Giriş bölümü, türbe ve harimden oluşan Selçuklu mescitlerindendir. XIII. yüzyılın ikinci yarısına tarihlenir. Banisi olan ünlü tabip Nahçıvanlı Ekmeleddin (Beyhekim)’in mütevazı türbesi, giriş mahallindedir. Mabedin mimarı bilinmemektedir. Sonradan kuzey cephesine ahşap bir minare kondurulmuştur.
Mescit, kesme taş ve yer yer de mermer kullanılarak inşa edilmiştir. Kapı ve pencere söveleri de mermerdendir. Doğu cephesindeki kapısından, doğu-batı yönünde uzanan bir koridora girilir. Burada sağdaki küçük odada Beyhekim’in mütevazı sandukası bulunmaktadır. Oda tek pencerelidir. Koridorun solunda yer alan ve yine bir penceresi bulunan oda ise zaviyedir. Üzerlerindeki kalıntılardan bu mekânların beşik tonozla örtüldüğü tahmin edilmektedir.
Kare bir mekândan oluşan harimin kuzeyine ahşap bir mahfil, güneybatı köşesine de minber ilave edilmiştir. Mihrap basit bir nişten ibarettir. Tuğla kubbede iki sıra Türk üçgeni kullanılmıştır. Merkezinde çiniden bir yıldız kompozisyonu yer alır.
Yapının, Selçuklu ahşap sanatının nefis örneklerinden olan pencere ve kapı kanatları İnce Minare Taş ve Ahşap Eserler Müzesi’nde muhafaza edilmektedir.
Mescidin çini mozaik tekniğinde yapılmış orijinal mihrabında bitkisel ve yazılı bordürler ağır basmaktadır. Sadece niş içerisinde geometrik bezemeler vardır. Niş içerisinde ve bordürlerde Kur’an-ı Kerim’den ayetler (Tevbe/225, Ankebût/45) yer almaktadır. Bu orijinal mihrap, 1899 yılında Almanya Berlin Müzesi’ne kaçırılmıştır.
Fatih Sultan Mehmet döneminde Konya vakıflarını tespit eden bir heyet, mescidin vakıflarını “Vakf-ı Mescid-i Beği Hekîm der Mahalle-i Devlethân” başlığı altında Bedesten önünde sekiz seki, Hocacihan’da bir bağ, Yahdan=Buzluk önünde, Guraba yerinde, Yerağaç ve mescidin bitişiğinde birer arsa olarak belirlemiştir. II. Bayezit döneminde yapılan tespitte ise fazladan Meydan (Musalla)’da bir arsa görülmektedir (Konyalı, Konya Tarihi, 1964, 337). Mescit, günümüzde bu vakıflarından yoksun olarak Vakıflar Genel Müdürlüğünün mülkiyetinde ibadethane fonksiyonunu sürdürmektedir.