Kudüs’te doğdu. İbn Ganm ve İbn Benane diye meşhur olan bir ailenin oğludur. Önce medresede okuyarak “zahirî ilimler”i öğrendi. Bu yıllarda zekâ ve kabiliyetiyle hocalarının dikkatini çekti. Daha sonra tasavvufa ilgi duydu ve devrin meşhur sufilerinden Şeyh Abdülaziz’e intisap ederek ondan icazet aldı. Hacca giderken Kudüs’e uğrayan Zeyniyye tarikatının kurucusu Zeynüddin el-Hafi’yi evinde misafir ederek sohbetlerinden faydalandı. Onunla birlikte hacca gitmeyi çok istediyse de annesi rahatsız olduğu için mürşidi izin vermedi; ancak hac dönüşü kendisini Horasan’a götürebileceğini söyledi. Abdüllatif, Horasan’da Hafi’nin yanında yeniden seyrüsüluke başladı. Riyazet ve mücahedesine mürşidinin tavsiyesi üzerine Câm şehrinde devam etti. Ahmet Cami-i Namekî’nin kabri yanında erbain’e girdi. Bu sırada şeyhiyle düzenli olarak mektuplaştı. Müridinin iç dünyasındaki değişiklikleri bu mektuplarla takip eden Hafi, Abdüllatif’e icazetname gönderdi. Abdüllatif daha sonra tekrar Kudüs’e döndü ve bir müddet Şam’da kaldıktan sonra Konya’ya giderek Sadreddin Konevi Zaviyesi’nde irşat görevini sürdürdü. 1448’de Bursa’ya gitti. Evliya Çelebi’nin “büyük bir âsitâne” diye övdüğü, müritlerinden İranlı Hoca Bahşayiş tarafından 1449 tarihinde yaptırılan Zeyniyye Dergâhı’nda irşat faaliyetini sürdürürken vefat etti. Kabri Bursa’da Zeyniler Camii’nin haziresindedir.
Nisbesi bazı kaynaklarda Makdisî olarak geçen Abdüllatif’in tasavvufi düşünceleri, mürşidi Zeynüddin el-Hafi ile aynı paraleldedir. Hafi’nin en belirgin özelliklerinden biri, vahdet-i vücut konusunda ihtiyatlı bir dil kullanması ve bu hususta zaman zaman müritlerini uyarmasıdır. Müridi Abdüllatif el-Kutsi de aynı yolu takip etmiş, gerek iman ve akide, gerekse irfan ve tarikat alanında şeriata aykırı gördüğü akımlarla mücadele etmiştir. Bu mücadeleye Konya’da iken başlamış ve ehlisünnet dışı bazı düşünceleri savunan Cüneyt es-Safevi ile yaptığı fikrî tartışmalardan sonra Karamanoğlu İbrahim Bey’e bir mektup göndererek şöyle demişti: “Bu Şeyh Cüneyd’in muradı sûfîlik değildir. Şeriatı bozup emâret talep eder” (Âşıkpaşazade Tarihi, s. 250). Abdüllatif el-Kutsi’nin yaşadığı dönemde Anadolu’da yaygınlaşan batıl mezhep ve tarikatlara karşı daha Orhan Bey zamanında mücadeleye başlanmış, bu akımlara mensup kişiler takip edilerek tesirsiz hâle getirilmeye çalışılmıştır. Onun mensup olduğu Zeyniyye tarikatında ise ehlisünnetin belirlediği sınırlar titizlikle korunmuştur. Bu durum Zeynüddin el-Hafi ve Abdüllatif el-Kutsi’nin eserlerinde açık bir şekilde görülmektedir.
Abdüllatif el-Kutsi’nin tasavvuf tarihi açısından en önemli özelliği, Zeyniyye tarikatını Anadolu’ya getirmiş olmasıdır. Bu tarikat günümüze kadar ulaşamamışsa da özellikle Şeyh Vefa döneminde en tesirli tasavvufî mekteplerden biri olmuştur. Bazı kaynakların Halvetiyye’nin bir kolu olarak gösterdikleri Zeyniyye tarikatı, icazetnamelerden de anlaşıldığı gibi, aslında Sühreverdiyye’nin bir koludur. Yetiştirdiği birçok sufî arasında, kendisinden sonra postnişin olan Taceddin İbrahim Karamani, Şeyh Vefa diye bilinen Muslihuddin Mustafa b. Ahmet ve Âşıkpaşazade’yi özellikle kaydetmek gerekir. Bazı tarihî eserler Molla Fenari’yi de Abdüllatif el-Kutsi’nin müridi gösterirlerse de bunun doğru olması çok şüphelidir. Zahirî ve Bâtıni ilimleri şahsında birleştirerek yalnız dervişleri değil, zamanın güçlü âlimlerini de kendisine bağlayan Abdüllatif el-Kutsi, bu özellikleriyle Osmanlı Devleti’nin temelinde bulunan dinî, fikrî yapının mimarlarından biri sayılabilir.
Eserleri: 1. Tuhfetü’l-vâhibi’lmevâhib fî beyâni makâmât ve’l-merâtib. Eser nefis, ruh, kalp ve sır makamlarından sonra birçok tasavvufî ıstılahın açıklandığı şu bölümleri ihtiva etmektedir: Ruhun cesedin köleliğinden kurtulması, Hak Teâlâ’ya doğru devamlı seyir, varlıkta zıtların görünüşü, müşahede deryasında istiğrak, kemali hakikatlerin gerçekleşmesi, vuslatın kemal noktasında zaferin tahakkuku. Eserin müellif hattıyla olan bir nüshası İstanbul Üniversitesi Kütüphanesi’ndedir (AY, Nu. 4495).
2. Hâdi’l-kulûb ilâ lika’i’l-mahbûb. İki ana bölümden meydana gelmiştir. Birinci bölümde sahih akide, Allah’ın zat, sıfat ve fiillerinin ispatı ele alınmış, sem’iyyat konuları geniş şekilde izah edilmiştir. İkinci bölümde şeyh ve mürit konularına yer verilmiş, ikisinin de adap ve erkânı maddeler hâlinde açıklanmıştır. Klasik kelam konuları ile tasavvuf ve tarikat meselelerinin aynı eserde ele alınmış olması dikkate değer bir özelliktir. Yazma bir nüshası, Süleymaniye Kütüphanesi’nde (Yazma Bağışlar, Nu. 167) bulunmaktadır.
3. Keşfü’l-‘itikâd fi’r-reddi ‘alâ mezhebi’l-ilhâd. Bâtıl mezhep ve tarikatlara karşı reddiye olarak yazılan eserde müellif Cebriyye, Mutezile, Bâtıniyye ve Dehriyye’den Hurufiliğe kadar pek çok cereyanı ele almış, bunların tahlil ve tenkitlerini yapmıştır. Hululiyye, İbahiyye ve Melamiyye de üzerinde önemle durduğu cereyanlar arasındadır. Eser, mezhepler ve tarikatlar tarihini ilgilendirdiği kadar, XV. yüzyıl Osmanlı ülkesinin dinî, fikrî durumu hakkında da önemli bilgiler ihtiva etmektedir.
4. Şifâ‘ü’l-müte‘ellim fî âdâbi’l-mu‘allim ve’l-müte‘allim. Bu eserde hoca-talebe münasebetlerini ele almış, ilim, ilmin fazileti, ilimlerin tasnifi hakkında bilgiler vermiş, medrese ilimlerine temas ederek metot hakkında çeşitli görüşler ileri sürmüştür.
5. Kitâbü Emr bi’l-ma‘rûf ve’n-nehy ‘ani’l-münker. Diğer eserlerine göre hacmi küçük olan bu eserinde Abdüllatif el-Kutsi, meseleyi Kur’an ve hadis çerçevesinde ele almış, konuya tasavvufi irşattan çok genel anlamda tebliğin usul ve imkânları açısından yaklaşmıştır. Son üç eser Bursa Eski Yazma ve Basma Eserler Kütüphanesi’nde (Ulucami, Nu. 1479) bulunmaktadır.
Keşfü’l-i‘itikâd adlı eserinde bahsettiği İktibâsü ref‘i’l-iltibâs fî beyânı tarîki’n-nâs ve bazı kaynaklarda kendisine nispet edilen Nefhatü’l-eshâr ve rihletü’l-esrâr adlı eserlere henüz rastlanmamıştır.